Friederike Woebcken wurde 1998 zur Professorin für Chorleitung an der Hochschule für Künste Bremen berufen. Mit ihrer Emeritierung endete 2020 ihre Lehrtätigkeit in Bremen.

Friederike Woebckens Klangvorstellung und Repertoireausrichtung sind maßgeblich geprägt durch die Zusammenarbeit mit dem schwedischen Chormaestro Eric Ericson. Gemeinsam mit ihm gestaltete sie von 1996 bis 2000 die Sommerkurse „Chordirigieren" im Nordkolleg Rendsburg in Kooperation mit dem Schleswig-Holstein Musikfestival.

Im Juni 2002 wurde ihr der Kulturpreis der Stadt Kiel verliehen. Seit 2017 engagiert sie sich im künstlerischen Leitungsteam der jährlich stattfindenden internationalen „Deutsch-Skandinavischen Musikwoche" auf dem Scheersberg nahe der dänischen Grenze. Die Brahms-Gesellschaft Schleswig-Holstein zeichnet Friederike Woebcken und den Madrigalchor Kiel mit dem Brahms-Preis 2023 aus.