Christoph Schlechter studierte Kirchenmusik B und A an der HfMT Hamburg. Er war Stipendiat des Evangelischen Studienwerks Villigst, absolvierte Meisterkurse bei Anders Eby, Maria Guinand und Frieder Bernius. Während des Studiums war er als zweiter Kirchenmusiker an der Hauptkirche St. Petri zu Hamburg tätig.

Er vertiefte seine Studien mit einem Konzertexamen (Artist Diploma) im Fach Chor- und Ensembleleitung an der Yale School of Music (Connecticut, USA) bei Marguerite Brooks, Jeffrey Douma und Masaaki Suzuki. Dort leitete er unter anderem den Yale University Chapel Choir.

Christoph Schlechter war als Kantor unter anderem an St. Johannes Ahrensburg und an der St. Pauli Kirche Hamburg tätig. Seit 2013 leitet er das Vokalensemble Lux Aeterna und den Frauenchor Pinneberg und lehrt als Dozent für Chor- und Ensembleleitung an der HMTM Hannover. Von 2014 bis 2017 war er Dozent für Chorleitung und Gemeindesingen an der HfMT Hamburg. Seit April 2022 ist er Künstlerischer Leiter des Kammerchores Hannover. Er ist 2. Vorsitzender des VDKC-Landesverbandes Nordwest und im Musikausschuss des Chorverbands Hamburg tätig.